Маршал авиации; родился 3 февраля 1942 г. на хуторе Большой Лог Аксайского района Ростовской области; окончил Харьковское высшее военное авиационное училище летчиков в 1963 г., Военно-воздушную академию им. Ю.А.Гагарина в 1969 г., Военную академию Генерального штаба Вооруженных Сил СССР в 1984 г.; служил летчиком, командиром звена в истребительной авиации Прикарпатского военного округа; 1969-1975 - командовал эскадрильей и авиаполком в Группе Советских войск в Германии; 1975-1984 - заместитель командира, командир авиационной дивизии, заместитель командующего ВВС Прикарпатского военного округа; с 1985 г. - командующий ВВС - заместитель командующего войсками Одесского военного округа; с 1987 г. - командующий ВВС - заместитель командующего Группой советских войск в Германии; в 1988 г. - командующий воздушной армией в Группе Советских войск в Германии; с 1988 г. - первый заместитель главнокомандующего ВВС Советской Армии, с июля 1990 г. - главнокомандующий ВВС - заместитель министра обороны СССР; с 23 августа 1991 г. - министр обороны СССР; с февраля 1992 г. по август 1993 г. - главнокомандующий Объединенными Вооруженными Силами СНГ; в июне 1993 г. был назначен секретарем Совета Безопасности РФ, в августе подал в отставку; 1994-1996 - представитель Президента РФ в Государственной компании по экспорту и импорту вооружений и военной техники "Росвооружение"; 1995-1997 - генеральный директор авиакомпании "Аэрофлот - Российские международные авиалинии"; в 1997 г. был назначен помощником Президента РФ по вопросам развития авиации и космонавтики, вновь был утвержден на эту должность в июне 2000 г.; 30 марта 2004 г., после реорганизации Администрации Президента РФ, был освобожден от должности помощника президента; входил в состав совета директоров компании "Аэрофлот" в качестве представителя государства (до сентября 2001 г.); член Президиума Национального Гражданского Комитета по взаимодействию с правоохранительными, законодательными и судебными органами; член Попечительского совета Международного фонда экономических и социальных реформ; Кавалер Золотого Почетного знака "Общественное признание" (2000); удостоен международного общественного ордена "Золотой Сокол" за вклад в достижение согласия и дружбы между народами, улучшение социальной и экономической жизни; женат, имеет троих детей; увлекается философией.


В августе 1991 г. не поддержал выступление ГКЧП. Способствовал тому, чтобы войска не были втянуты в политический конфликт. После августовских событий вышел из КПСС, будучи в то время членом ЦК КПСС. Свое решение мотивировал тем, что армия должна быть вне политических партий. Находясь на посту министра обороны СССР, способствовал департизизации армии, упразднению политорганов. После распада СССР стал главнокомандующим Объединенными Вооруженными Силами СНГ (ОВС СНГ), реально в его подчинении оставались только стратегические и миротворческие силы. По вопросам прав и полномочий у Шапошникова возникали трения с министром обороны России Грачевым и руководителями других участников СНГ. После назначения секретарем Совета Безопасности РФ в июне 1993 г. заявил о нецелесообразности сохранения поста главкома ОВС СНГ, который был упразднен в августе того же года.В октябре 1993 г. вошел в список кандидатов в Государственную Думу первого созыва от Российского движения демократических реформ (не сумело преодолеть 5-процентный барьер). Сторонник интеграции оборонной промышленности стран СНГ, подписавших Договор о коллективной безопасности, и создания полноценных объединенных Вооруженных Сил этих государств. По мнению генерала Н.Столярова (помощника министра обороны по воспитательной работе в 1991.1992 годах), "в качестве министра обороны Е.Шапошников был человеком "несвоевременным": время повсеместной ломки и разрушений потребовало иных людей, а лучшие качества маршала - интеллигентность, мягкость в обращении с людьми в сочетании с твердостью характера, тонкий юмор - оказались невостребованными в полной мере".